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中国企业所得税制改革的方向，是通过统一所得税法，公平所得税负，规范所得税制，建立和完善既符合国际惯例、又适合中国社会主义市场经济发展的企业所得税制。
因此，所得税制改革应当遵循的主要原则，是按照公平税负原则，统一内外资企业所得税；按照适度征税原则，适当降低税率、拓宽税基；按照适度和效益原则，调整优惠政策，转变优惠方式；按照避免重复课税原则，实行归集抵免制，协调好两个所得税；按照节约费用的原则，改革征管模式，提高征管效率。
世界所得税制改革呈现以下发展趋势：一是降低税率，在经济合作和发展组织的29个国家中，除了奥地利，其他成员国都不同程度地降低了公司所得税的税率。二是拓宽税基，外延拓宽主要是将企业附加福利和资本利得纳入应税所得，内涵拓宽主要是减少税收优惠和税收支出。三是减少优惠，包括减少费用扣除、税额减免、税率减免等优惠，以利于减少税收对经济的过度干预，缓解税负不公。四是加强征管，降低征管成本，提高征管效率，减少税收流失。
在世界经济向一体化方向发展和各国税制改革呈现趋同化的情况下，中国制定统一的企业所得税法，必须顺应税制改革“低税率，宽税基，少优惠，严管理”的发展潮流，将内资企业适用的企业所得税条例与外资企业适用的外资企业所得税法合并为统一的企业所得税法，以增强中国所得税法的统一性和前瞻性。
公平税负包括两层含义：一是横向公平，即要求具有相同能力的纳税人必须缴纳相同的税收，不用区分纳税人的资金来源、组织形式、经济类型等有何不同；二是纵向公平，即对具有不同纳税能力的纳税人必须缴纳不同的税收，具有较高纳税能力的纳税人必须缴纳较多的税收。所得税制缺乏横向公平，主要产生于两套不同的税制，以及将税收制度用于某些非筹集收入的目的，如以优惠的税率吸引外商来华投资。所得税制缺乏纵向公平，主要产生于税收优惠过多过滥，导致所得税的实际税率与名义税率的差距过大。通过统一税法，统一税制和税收优惠，真正公平税负，促进公平竞争。
目前，中国内外资企业所得税的法定税率为33％，对特殊地区和企业，分别实行27％、18％、15％的优惠税率。由于存在较多的税收优惠，实际税负与名义税率的差距较大，内资企业实际税负为25％左右，外资企业实际税负为15％左右。按照适度征税原则，从中国的实际需要和可能出发，所得税税率从33％降到25％左右为宜。同时适当减少税前扣除项目，严格限制费用扣除，将资本利得纳入征税范围，拓宽所得税税基。应限制以下项目的费用扣除：与取得收入没有直接联系的项目；收入与费用发生期不配比的项目；交易的目的是避税的项目；税收政策已有规定的项目。统一后的企业所得税法，应改为法人所得税法。以企业所得税命名税种，纳税主体不清晰，企业所得税和个人所得税交叉，容易发生错征、重征，对不以“企业”命名的营利性组织和单位，则易出现漏征；企业是以营利为目的的组织单位，但在征税中难以判断其是否以营利为目的，给执行带来随意性，不利于严格征管和依法治税；中国民法通则把民事主体划分为法人和自然人，相应设立法人所得税法和个人所得税法，不仅符合法理依据，而且涵盖所有的纳税人，法人范围包括企业法人、机关事业单位法人、社会团体法人。
中国现阶段税收优惠的主要问题，一是税收优惠量过大，税收优惠的管理权限虽然集中在中央，但地方政府仍以种种形式和手段越权减免税，导致税收大量流失和税收成本增加，也误导了企业的经济行为。二是税收优惠结构不合理，这主要集中在对外资的所得税优惠方面，严重影响了内外资企业的公平竞争；因国家间税收管辖权差异和国际双重征税，外资往往享受不到所得税的实际优惠，影响了税收优惠的效果。三是偏重于减免税的直接优惠，很少运用加速折旧、加计扣除、投资抵免等间接优惠，不利于提高税收优惠的效益。四是税收优惠的范围不科学，经济特区、经济开放区、经济技术开发区享受较多的税收优惠，拉大了地区差距。
因此，要遵循适度和经济效益原则，统一税收优惠政策；大幅减少优惠总量，对需要保留的优惠政策，突出优惠重点；调整优惠方向，由区域优惠为主转向以产业优惠为主；转变优惠形式，尽量减少定期减免税，较多采用加速折旧、加计扣除、税收抵免等间接形式，提高优惠效果。
按现行税法规定，对个人从企业取得的股息、红利征收20％的个人所得税，尽管企业对该项股息、红利已经缴纳了企业所得税。这是对同一所得额的重复课税。为解决这一问题，需协调两个所得税。首先，实行归集抵免制，即将企业分配利润时缴纳的企业所得税款归属到股息中，给予股东税收抵免，消除对股息的双重课税。对公司股东分得的股息全部抵免后不再交企业所得税，对个人股东分得的股息在征个人所得税时给予部分抵免，如企业所得税率为25％，个人所得税为35％，对分得的股息只需补缴10％的个人所得税。其次，对个人独资企业、合伙企业取得的利润归集到每个合伙人名下征收个人所得税，对独资企业、合伙企业不再征收企业所得税。第三，要缩小企业所得税税率和个人所得税最高边际税率之间的差距。
当前，企业所得税为中央与地方按比例分享，目前仍由国税局、地税局两套税务机构对同一税源进行征管。这种模式不仅造成税收征管费用的极大浪费，而且加大了两个税务系统的矛盾，降低了征管效率，必须尽快加以改变。应该按照节约原则，在统一税基的基础上，由国税局和地税局中的一个系统负责征收管理，另一个系统负责税收稽查，提高征管效率。
同时，需要正确处理简化税制和完善税法的关系，增强税法的透明度和可操作性。许多国家税收制度非常复杂，主要有两个原因；一是税法必须用法律语言清楚地定义税收的各种要素及其特点；二是政府把税制用于非收入筹集目的的某些方面。由于税制过于复杂、繁琐，反而降低了透明度和可操作性，不仅增加纳税成本，影响纳税人的投资、经营决策，而且加大税收征管的难度和征收成本，因而西方发达国家出现简化税制的趋势。由于这些国家采用成文法和判例法相结合的法律制度，其条文的不足，往往可以用判例弥补。
因中国没有采取判例制度，必须正确处理简化税制和完善税法的关系，注重增强透明度和可操作性。税法应详略得当，既不能过于繁琐，也不能过于简单；该翔实的要翔实，如对税前扣除的项目、范围和标准，税收优惠的原则、范围、对象和权限等应作详细规定；该简化的要简化，如对资产的税务处理、税收的征收管理等的具体事务则应适当简化，除有些征管内容在税收征管法中规定，其他内容可在实施细则中做出详细规定。
此外，根据中国现阶段社会经济发展情况，权衡社会稳定、改革开放、经济发展等多重目标，所得税作为国民收入再分配工具和直接税的调节作用，所得税法应当坚持公平优先、兼顾效率的原则。
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