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一、乡镇企业产权关系亟待理顺
之所以说乡镇企业的产权关系亟待理顺，是因为目前乡镇企业产权关系十分混乱。过去，乡镇企业建立的方式多种多样，有的是社队共同投资合办的企业；有的是公社牵头从各大队或生产队集资办的；有的是由乡镇党政干部出面向银行或财政借款办的；还有的是群众集资兴办的，或以上各种情况的混合体。乡镇企业发展到今天，企业的资金、人员、领导和职工都发生了巨大变化，原来出资者的权责逐渐模糊了，产权关系变得混乱了。
由于企业产权关系不清晰，给企业生产经营带来了极不利的影响：一是企业负责人产生消极情绪和短期行为。尽管企业是乡镇负责人一手创办的，但一旦他们离开了企业，便与企业没有直接利益联系。这样，负责人对企业便产生消极情绪，不思进取；一些新企业领导自己能干多久也是个未知数，因而产生得过且过的思想和企业行为短期化。二是对乡镇企业职工产生重大冲击。由于产权不明晰，企业职工对企业的经营大都没有发言权，乡镇企业的兴旺与自己没有切身利益，特别是乡镇企业有许多打工仔、打工妹，并且还有一批高级管理人才，他们在管理企业过程中发挥了重要作用，但企业的产权与他们毫无关系，他们心理也感到不平衡。
进一步理顺乡镇企业的产权关系我们认为应当坚持这样的原则：在企业的总资产中，凡是乡镇或村委会依靠多年来集体积累资金或出卖集体财产的资金创办的，企业的这部分产权归乡镇或集体所有。凡是乡镇政府或村委会通过向银行贷款创办的企业，其产权在归还贷款以后，归乡镇或村集体所有。凡是乡政府或村委会通过向当地居民集资创办的企业，企业的这部分产权归还集资后属集体所有。在这个基础上，每个出资者按照自己的产权份额取得收入和承担企业经营风险，并按照自己的产权份额对企业厂长经理人选、企业重大经营决策和收入分配等进行投票和监督。
二、股份合作制是乡镇企业改革的基本取向
目前，乡镇企业的经营体制亟待改革，原因之一是乡镇企业原来的承包制经营方式存有极大弊端，当企业亏损时吃亏的往往是集体。从乡镇企业的经营情况看，企业挂帐、负债及难以要回的货款数目惊人！一旦企业倒闭，这部分负担都要集体来承担。如果不对承包制加以改善或创造一种新经营方式，那么，乡镇企业就难以有一个大发展。原因之二是，国有企业推行现代企业制度的改革日益深入，国有企业正向产权明晰、责权明确、政企分开、管理科学的经营管理体制方向发展，这使乡镇企业原有的那点“小而灵”经营优势黯然失色。如果乡镇企业的经营机制不转换，势必难与资深力强的国有企业进行竞争。所以，乡镇企业转变经营机制势在必行。
参照国有企业的改革方式，我们认为，股份合作是乡镇企业转变经营机制的必然选择。因为：
第一，股份合作制有利于企业自主经营，提高企业的经济效益。股份合作制的一个突出特点是，依靠企业股东利益驱动企业发展。因此，可以充分调动企业各种生产要素的能动性和企业员工的创造性与积极性，有效创立新的企业制度性屏障，排除企业外部越俎代疱的经营管理决策，构成企业自主经营、自谋发展的市场经济体系。同时，还可以通过合理设置股权、合理界定点工利益，建立健全企业的积累制度，用物质利益激励企业股东、员工对企业扩张发展或收缩调整以及破产倒闭的关心，防止和约束种种低效、无效的经济行为。
第二，股份合作制有利于克股经营者的短期行为，增强企业发展后劲。企业承包经营者在承包期内大都只顾眼前利益，拼设备、耗人力、浪费资源，分净、吃光、不留余地。企业实行股份制经营，企业的全部股东都关心企业的兴衰，关心企业的效益，股东和企业形成互相依存的关系。因此，经营者若搞短期经营行为，使企业总体效益受损，股东是不会听之任之的，这样有利于促使经营者增强投入产出观念，克服盲目生产经营，同时也有利于广大职工把增产节约、增收节支变为自觉行动。另外，企业实行股份制，利润除按规定上缴国家外，只能按股分红，任何人不能随意收缴企业利润，从而保证了企业积累，为企业发展增强后劲。
第三，股份合作制有利于解决企业资金紧张的问题。我们目前乃至今后相当长一段时间都存在着“资金严重短缺”的矛盾。多数乡镇企业靠贷款负债经营，除支付贷款利息及其他费用外，纯利则所剩无几。目前企业资金缺口太大，银行贷款远远满足不了要求。实践证明，在这种新形势下，乡镇企业实行股份制是集中社会闲散资金，解决乡镇企业资金短缺的有效途径，它不但能把农民手中的消费资金转化为生产资金，而且还可以吸收外资，集聚企业内部资金。通过参股、入股，使资金从消费领域转向生产领域，实现资金的总体效益，这样能缓解企业资金短缺的矛盾。
三、重视乡镇财政对乡镇企业的扶持
在乡镇财政扶持乡镇企业发展问题上，存在这样一种看法，即认为乡镇财政对乡镇企业的扶持只是资金扶持。其实，这种看法是片面的。诚然，资金扶持是乡镇财政对乡镇企业扶持的一个重要的手段，但却不是唯一手段，诸如技术扶持、财务负担扶持、组织形式扶持也都是有效的手段。我们不应把财政扶持的手段只局限在资金扶持上，应该从全方位、多角度对乡镇企业进行扶持。
其一、加强资金扶持，注意资金使用效益。针对过去财政资金管理不善，使用效益低下的状况，我们要在财政周转金投放上，实行“三改”。一改指令性投放为择优投放，在资金投放前对企业进行调查摸底，把那些管理好、效益高、守信誉的企业作为重点投放对象。二改重投轻管为跟踪管理。指定专人负责投资项目，按项目进度和实际需要分期拨款，跟踪监督资金使用情况。三改投放周期实行长短结合、以短为主。加快资金周转速度，提高资金使用效率。
其二、加强财务管理扶持，努力改变管理混乱的局面。目前，许多乡镇企业的会计素质很差，财务制度不健全，加上企业领导不重视甚至故意作假，致使乡镇企业的财务管理十分混乱。对此，乡镇财政要帮助企业强化约束机制，加强审计监督，搞好成本核算，健全企业财务制度，规范企业财务行为，以不断提高财务管理水平。
其三、加强政策扶持，认真落实好各项政策措施。一是要落实好乡镇企业股份制改革的有关规定，以尽早地促使企业转制。二是要落实好完善企业承包制的各项规定，努力增强企业活力。三是要落实好外商对乡镇企业投资的优惠政策，简化审批手续，提高办事效率，促进外向型经济发展。落实好乡镇企业专业人才优惠待遇政策，加快企业科技进步。
其四、帮助企业搞好新产品开发，扩大企业财源。对于乡镇企业开发新产品，提高技术水平，乡镇财政要集中资金，加以支持。与此同时，要帮助企业搞好横向联合和引进外资等工作，以扩大企业财源。
其五、帮助企业改制，使企业适应市场经济的要求。一要扶持企业发展股份制，组建企业集团，发挥规模效益，克服企业资金、技术、人才的有限性，壮大竞争实力。二是支持企业与大专院校、科研单位、外贸单位建立“科、工、贸”一体的大型企业集团，一致对外，增强竞争力，走依靠科技进步、内涵挖潜、优质高效的路子。
四、克服新税制对乡镇企业的负效应
1994年的税制改革对乡镇企业产生的负效应是：
1.税负增加。在新税制下，国有企业取消了“两金”，但乡镇企业仍要承担。资源税征收面更大更广，税率也有调整。如对煤炭、黑色金属矿原矿、有色金属矿原矿、非金属矿原矿和盐等都征收资源税，这对于开发利用资源最多的乡镇企业将产生一定的影响。城乡维护建设税，将由过去按流转税额附加征收，现改为以销售收入作为计算纳税依据且税率结构也有调整，规定县城以外的税率为0.2%， 这也将给乡镇企业带来很大影响。
2.减免税减少。原来的税制对乡镇企业采取了许多保护政策，使许多乡镇企业在减免税的照顾下，得到生存和发展。现在对乡镇的减免税政策不但项目少，而且享受的年限也缩短，过去以“三废”为原料生产的产品，销售后可享受减免“三税”的照顾，现在没有了。这样，乡镇企业将在同等的税收环境下与国有企业进行竞争，低价格的销售优势将不再存在，原来靠优惠政策生存的企业，将出现微利或亏损。另一方面，联营企业将不同程度受到影响。因为有原来的减免税政策，联合后对方也可以得一块，现在减少后，可能会使企业间横向联合的热情降下来。
3.限制了小型企业的发展。乡镇企业的主体是众多的小型企业。新税制的增值税条例规定：对年销售额未超过财政部确定的小规模纳税人标准的纳税人（现暂定为年销售额在180万元以下）， 销售货物或应税劳务的征收率为6%，不得抵扣进项税额，也不得开具增值税专用发票，即别的企业购买小规模纳税人生产的产品，其进项税额也不得抵扣。这条规定虽然能促进乡镇企业上规模、上水平，但在现阶段会带来强烈的“阵痛”，实际上是对小型企业的限制。小型企业除了增加税负外，会严重影响小型企业的产品销售。因为小型企业交纳的税款不能作为购买者抵扣税金的项目，实际上使购买者承担了双重税金，将直接影响这些小企业的产品销售和在市场上的竞争力。
4.地方政府权力削弱了。新税制强化了中央的权力，原来地方政府享有的一些税项权、减免权，现在没有了，新的税收制度规定，增值税、消费税和营业税的减免权，以及税项税率的调整权统归国务院，任何地区和部门均不得规定减免税项目。这说明，原来留给地方宽松的减免税环境将不存在。
为了保持乡镇企业持续、稳定、健康地发展，可采取以下措施以克服新税制带来的负效应：
第一、转变观念。即把靠吃优惠饭生存变为靠自身实力求发展，使企业在激烈的市场竞争中产于不败之地。
第二、加强联合，扩大专业化协作。改革后的流转税是普遍推行增值税，从产品生产的各个环节到产品销售的各个环节，都不存在重复计税的问题。乡镇企业可以利用这一新的税收政策，进一步扩大工业企业间的专业合作。
第三、要采取切实可行的激励措施，调动职工增产增收的积极性，同时要努力提高产品质量，搞好售后服务，以树立企业形象来增加产品收益。更重要的是加强产品成本管理，减少物耗能耗，降低产品成本，堵住各种漏洞，以实现最佳企业效益。
第四、把一批高质量、高效益、高科技和新款式、新用途、新性能、新材料的产品投向市场，通过开发市场、占领市场，使企业在激烈的市场竞争中获得新的发展。
第五、大力发展外向型乡镇企业，积极参与国际分工和协作，不断增加出口产品，获得更多的国际比较利益。