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清算审计重点应对破产清算损益情况进行审计。具体为：
１．对破产财产清算损益情况的审计。包括：（１）关注货币资金。即审查银行已付企业未付或企业已收银行未收的未达账项；注意未达账项中无效行为的支付款项；对长期无法查明原因的未达账项报请清算组处理。（２）关注应收款项。即核对双方余额的正确性，要有针对性地审查部分金额较大的应收款项，尤应注意有无收款不入账、退货不冲账、在账外循环，从对方套取现金的情况；应审查抵债物资质量的好坏，作价是否合理；应审查抵债物资的验收、保管和处理的手续是否合法。（３）关注实物资产（包括固定资产、存货、在建工程项目）。即要进一步审查验证实物资产的权属问题；审查实物资产的项目、数量、金额是否准确；审查评估的金额和确认依据；审查实物资产上市交易的合法性、公正性。（４）关注投资资产。应依据投资协议和核算方法，结合企业清算情况，对不占控股权的投资只应按成本法核算并审查应收回的投资份额和投资收益；对占有控股权的则应按权益法核算，并审查最终的长期投资额。
２．对破产债务清算损益情况的审计。包括：（１）核实应该清偿所欠职工工资，医药费，社会劳动保险费等项是否均已清付。（２）核查所欠国家的税款包括盘亏存货部分是否冲减进项税，对未抵扣的进项税和期初挂账的待扣税金余额与欠交部分应予以抵消。（３）对企业所欠税款，必须由税务部门申报确认。（４）审核确认破产债权时应关注。审核债权人申报的债权是否属于破产前设立的无财产担保债权；对有财产担保的债权进行审核时应注意担保抵押合同的法律效力和担保金额对担保的财产必须经过评估确认。
３．对清算费用的审计。包括：（１）审核清算期间职工生活费时，一是要审核裁定宣告破产日的职工人数，二是要审核职工生活费的标准。（２）破产财产管理，变卖或分配所需的费用。（３）破产案件诉讼费。（４）清算组发生的必需费用，包括清算过程中发生的各种办公费用。（５）清算期间发生的相关资产维护费用。（６）审计费、评估费、案件受理费。（７）审核职工养老保险金、医疗保险金、失业保险金和住房公积金（称四金）的计交情况。（８）权证过户费用。（９）其他费用。
４．审核破产企业破产清算损益核算的合规性、正确性，重点关注审计差异及清算会计的调整事项。
５．审查剩余财产的分配是否公正，剩余财产在投资者之间的分配过程是否正确。