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执行问题
(1)对各级政府及其各部门财政收支、国有单位的财务收支及其他方面的审计，难以发挥应有的作用。尽管《审计法》第五、六条规定了国家审计机关依法行使审计监督权的独立性、客观性、权威性，但由于《审计法》同时又规定国家审计机关接受双重领导，这使国家审计机关和人员难以脱离“对得起国家，便对不起地方”或“对得起地方，便对不起国家”的两难境地。看来，我们应多从国家审计体制的改进和作用发挥的保障机制方面想些办法。
(2)从理论上讲，有国家资金的地方均需要国家审计。但从现实和未来看，不能这样做，因为还要考虑各块审计力量的分工协调。国家审计可考虑：
A.长期认真地做好对各级政府及各部门的财政收支的真实、合法及效益的审计，以切实配合政府机构改革，提高政府效能，为经济服好务。
B.对国有金融机构和企事业单位财务收支的审计，应本着“合理分工，协调发展”的原则，将我国现行法律规定并按国际惯例划由注册会计师审计的(如外资企业审计，上市公司审计等)，完全交给注册会计师去做。对国有独资企事业单位的年度会计报表定期审计，也可根据国家审计机关的实际情况，交其一部分或全部由注册会计师去做，但可对审计提出特定的要求，并保留最终监督权。应当说，国家审计的职权范围不是越大越好，因为职权大，责任也越大，并且往往突出不了重点。云南“红塔山”集团和湖北“长江动力”集团事件就从某些侧面反映了国家审计所存在的一些问题。
(3)国家审计实务极容易受行政长官的言语和红头文件的影响。使国家审计今天的工作重点是东、明天是西，法定的基本工作任务却往往被忽视而难以完成。我们应尽量减少审计盲目性、随意性，多在审计制度化、规范化建设方面做文章，对属于自己职责范围的审计工作，应作出合理安排，将定期审计与不定期审计，全面审计与重点审计，内部控制审计与会计报表审计、会计报表审计与管理审计有机结合，摸清被审单位情况，采取有效的审计方法，提高审计的效率和效果。
规范化建设问题
有以下问题值得注意：
(1)过多总结国家审计以往的经验和做法，而过去的经验和做法又不一定都先进。
(2)现代审计的思想、观念、概念(如内控了解、测试，审计重要性，审计风险，审计抽样，审计质量控制，职业道德，法律责任等)体现不够，即使有所体现，也没有作必要的说明。
(3)不少规定过于笼统，在有的情况下，无法根据现行规范判断国家审计是否尽到了专业责任。也就是说，如国家审计机关或人员成为被告，现行审计规范不能较合理地判断审计质量是否合格，风险和责任该由谁来承担。举例来说，现行规范关于对国有企事业单位年度财务报表审计的规定，不仅零散且技术性和可操作性也不强，国家审计人员实难知道自己是否已经达到规范要求。
(4)在注册会计师《独立审计准则》早已出台的情况下，国家审计应谨慎考虑哪些独立审计准则能直接为我所用，哪些不适用，以节约审计准则制定成本，增加国家审计准则与注册会计师审计准则的协调性。
风险、责任和质量控制问题
(1)学习和借鉴注册会计师审计的风险和责任的规定和防范措施。国家审计和注册会计师审计有很大区别，一个是无偿，一个是有偿。一般而言，国家审计不可能承担像注册会计师审计那么大的风险和责任，但国家审计风险和责任也不容忽视。
(2)尽快对现行规范的有关内容进行修订，提高规范对审计工作的指导作用，使规范成为衡量国家审计机关或人员风险控制和责任履行与否的重要尺度。
(3)各级审计机关应根据国家颁布的规范制定更为具体的适用于本机关的业务工作指南。
(4)国家还应制定《中国国家审计质量控制准则》，各级国家审计机关应牢固树立质量观念、风险观念和责任观念，并根据质量控制准则建立和实施本审计机关的审计质量控制制度。
人才素质问题
(1)我国目前规定，国家审计人员的初、中级审计专业技术资格通过全国统考合格获得。这大大提高了审计人员努力学习、工作的自觉性和积极性。但应考虑规定高级审计专业技术资格也须通过全国统考获得，这样做才比较公平。同时应相应加大考试合格者具有合理的知识结构和水平。
(2)制定和实施更为严格的后续教育制度，必要时国家审计署可统编后续教育教材，让各级国家审计人员强制接受新法规、新知识、新技能的学习，特别是企业会计准则的学习，如会计准则不熟，审计便无法开展。
(3)仿效有的国家，提倡、鼓励国家审计人员报考“注册会计师”或“注册内部审计师”。这样做，有利于彼此借鉴，共同提高。