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科学一方面是一套有着自身内在逻辑进程的关于客观事物的知识体系，另一方面它从来就是由具有充分人性的个体知识构成的，整个科学知识的逻辑体系都是在人的动机下发生、在人的价值选择中发展的。事实上，“科学”一词早就不仅指称一种特殊的知识体系，而且也指称一种与之相应的特殊的价值体系。正是作为知识的科学与作为价值的科学这二者间的关系的不同处理，形成了不同的科学观。健全的科学意识就是因为它能够在这二者之间保持合理的张力。
一、知识的科学
尽管“科学”一词至19世纪最后两年才开始在中文里出现，但作为一种与中国传统学术不同的知识体系的西方科学，其传入却要早得多。利玛窦等西方传教士16世纪后期进入中国时，徐光启等先进知识分子显然正是把西方科学作为一种先进的知识体系来把握的。因而一开始就引入了对西方科学发展影响至深的欧几里德《几何原本》和西方近代天文学知识——托勒密天文学之后哥白尼、第谷、开普勒和伽利略等人的天文学工作成果。
用来指称“考证、研究”之含义的“格致”一词正是在西方科学开始传入的这个时期开始流行。这既表明了一种新的知识体系对当时中国知识界的冲击，也表明了当时人们对科学这种知识体系的实证性研究特点之把握。
这些都表明，作为一种讲求实证的纯粹知识体系乃是科学最基本的特征。或者说，作为一种异质文化，科学的这一特征最容易被识别，并被认同接受。即使顽强维护传统伦理文化者也可以坚守儒家文化之“体”的同时而以西方科学为用。
然而，正如后现代大师利奥塔尔指出的，知识不仅包括认识，也包括评价、决定和改变的能力。科学是一种异常复杂的知识体系，它的各部分有机地联系在一起而成为一种人类高级文化形态。如果对科学的理解和把握仅仅停留在一般知识的层次上而不能理解和把握科学原则、科学方法和科学精神，即不能理解作为价值的科学，那就只是不完整的科学，是一种较低层次的科学。
“五四”新文化运动的意义就在于，它对科学的理解和把握超越了作为知识体系的科学而进入对科学方法、科学原则、科学精神的理解与把握之中。因而，赛先生的对立面是国粹、旧文学、旧艺术、旧宗教和整个儒家旧文化。因而，“五四”新文化运动才能成为一场真正的文化革命。换句话说，“五四”新文化运动宣传科学，就是试图用科学方法、科学原则、科学精神改变人们的思维方式，改变人们的生活态度，改变人们的文化观念。正如当时和后来的人们反复强调过的，这是一场唤醒人的自觉意识的伦理革命、价值革命。
二、价值的科学
对科学的理解和把握如果仅停留在数理化天地生等具体知识层次而不能超越各门具体学科去把握科学的普遍特征，那就很难抓住科学的本质。反过来说，力图抓住科学本质的人都试图超越一般的具体科学知识而去把握科学的普遍特征。
因此，早在科学启蒙大师严复那里，科学便至少获得两方面的含义。一方面，科学是严格进行实验、严密进行归纳和演绎的逻辑推理、完全根之于客观事实的实学，是同八股、汉学、宋学及其他缺乏严密和精确性、缺乏客观可靠性的似是而非的玄虚之学相对应的一套可靠的知识体系。另一方面，科学可靠和有效的一整套方法、排除谬误坚持真理的精神原则以及科学理论中关于人与宇宙事物的结论，都具有超出智慧本身的道德、情感和伦理价值上的意义。这时的科学，不仅仅是格物致知。它首先是诚意、正心，排除主观情感蒙蔽的治学之道，因而它能发现真正的知识，能致知。当然，由这种诚意、正心的治学之道得出的真实知识又反过引导人诚意、正心。因此，科学能够“变化士民心习”，改造知识分子的思想方法。这种诚意、正心的格物致知之道，是修身、齐家、治国、平天下的依据和基础。依据这一基础，就可以像斯宾塞那样将其运用于人类社会事务，“以大阐人伦治化之事。”因而，科学又是一种社会哲学，一种价值体系。
继承严复等维新领袖科学启蒙事业的“五四”新文化运动所宣传的科学主要就是这种价值的科学。“五四”宣传科学是要批判旧传统、改造国民性，是民族心理层次上展开的中国文化中精神文化的变革，因而被陈独秀等人称为“伦理觉悟”和“最后的觉悟”。
然而，正是这种对“价值的科学”的过份偏重和对“知识的科学”的相对忽视，导致了对科学的理解和把握出了偏差，从而导致了建设新文化的无方而以批判旧文化代替建设新文化的倾向，导致了对传统文化的过激批判和启蒙方法的急功近利等弊端。这使得早该完成的科学启蒙事业至今没有完成，封建愚昧在中国一再顽强地复活。
三、合理的张力
1894年甲午战争给中国人的教训是学习西方不能止步于船坚炮利和声光化电，于是先进知识分子要求学习西方的民主和科学。进化思潮在中国引起的世界观、思维方式、社会思潮和整个文化观念的彻底变革则表明，科学所带来的价值冲击似乎比科学知识本身对中国的文化变革作用更加巨大。
然而，“价值的科学”何以有如此巨大的威力？这一威力的发挥靠什么条件来保证？这是把科学主要作为思想文化武器的“新青年”们没有认真思考过的问题。
科学的价值意义得以存在，正是靠了“知识的科学”。正是具体的知识的科学的成长，才发展出科学的普遍方法，形成科学的普遍原则并产生出普遍的科学精神，从而发挥出科学的价值意义。离开具体的科学实践即科学知识体系的建立，科学方法就会成为教条；离开科学方法，所谓科学原则就会是一些空话；离开科学原则，所谓科学精神便可以是任何反科学货色了。
因此，启蒙家严复就特别看重知识的科学本身。他说，“今世学者，为西人之政论易，为西人之科学难……其人既不通科学，则其政论必多不根。”显然，对严复来说，科学的种种社会和文化功能、科学所具有的权威性是“标”，系统的科学知识和科学方法才是“本”。而掌握系统的科学知识和科学方法必须从基本的科学训练入手，必须从教育开始。这就是严复的“开民智”。因此，严复把“开民智”当成中国最为急切之事。
激进的“五四”新文化运动领袖们更感兴趣的则显然是科学的种种社会和文化功能、科学所具有的权威性。这种对科学价值层面意义的看重，有助于中国人完成从孔教儒学统治下的传统心态到科学民主的现代心态转变，实现中国文化的现代变革。然而，如果过分强调价值层面的科学而忽视了基本科学知识的意义和它对科学的价值意义的保证作用，科学同样难以发挥其应有的作用。今天我们实施“科教兴国”战略，既需要普及和运用科学技术知识又需要宣传科学精神、科学原则和科学方法，两者均不可偏废。也就是说，应该在知识的科学和价值的科学之间保持合理的张力。