周东新[1]2001年在《黄麻遗传多样性的RAPD和ISSR分析》文中研究指明以来自中国、印度、非洲等地方的黄麻属(Corchorus)8个野生种、7个近缘野生种、8个圆果黄麻栽培种、4个长果黄麻栽培种为供试材料,应用RAPD(随机扩增多态DNA)和ISSR(简单重复序列间隔区)分析技术,探讨黄麻属内种间的遗传多样性和栽培种的起源演化。所得结果如下:1.建立了黄麻RAPD分析的技术体系:25μl反应体系中,含10mmol/l tris-HCl(PH8.0),50mmol/l KCl,2.5mmol/l MgCl_2,150μmol/l dNTP, 0.2μmol/l随机引物,30~60ng模板DNA,1.5U TaqDNA聚合酶。反应程 序为:94℃预变性5min;94℃ 30s,37℃ 1min30s,72℃ 1min,41个循 环;72℃,7min;4℃ 20hrs.2.在27个供试材料中,25个RAPD引物共扩增出329条带,多态条带比率 (PPB)为89.36%。25个ISSR引物共扩增出283条带,多态条带比率(PPB)为92.58%。3.分别依据RAPD标记和ISSR标记数据,对黄麻属供试材料进行了聚类分析,结果表明:分别应用RAPD和ISSR资料所构建的树状聚类图,第一次等级划分(取值水平D=0.785),可将黄麻栽培种(包括长果种、圆果种和其近缘野生种)和野生种分成不同的两大类,反映出来自东南亚的两个栽培种及其近缘野生种与来自非洲的其它野生种间有明显的遗传差异。第二次等级划分(D=0.850和D=0.885),可将供试材料分成10个类群,突出了种间的遗传差异,可将不同的种区别开来。两个栽培种(圆果种和长果种)的遗传相似系数较高,亲缘关系较近,从构建的树状聚类图可以推测两者具有共同的祖先。4.由RAPD和ISSR算得的两组相似系数之间的相关系数,г=0.9547>г_0.01(n=349),达到极显着水平,表明应用这两种技术对黄麻遗传多样性的分析具有较高的一致性和可信度。5.根据RAPD和ISSR标记聚类分析结果,确立C.trilocularis21C是 摘 要·2· c.aMM的一个亚种;粘粘菜、漳浦假黄麻、开远假黄麻叁者是同种异 名,建议统一使用双名法定名为CaestUanS 本研究还对黄麻属种间和种内材料的DNA提取质量、RAI,D和ISSR标 记的一致性、遗传多样性、甜麻和尊麻叶种的分类学地位等作了讨论。并结 合现代种的分布、考古学、历史学及植物地理学等对黄麻栽培种的起源与演 化进行了探讨,可以基本确立圆果种黄麻起源于中国的观点。
祁建民, 周东新, 吴为人, 林荔辉, 方平平[2]2004年在《RAPD和ISSR标记检测黄麻属遗传多样性的比较研究》文中研究说明应用RAPD和ISSR标记,分别对来自非洲地区和中国的15份黄麻野生种(10个种),以及来自中国、印度、越南、日本等地的12份黄麻栽培品种基因组DNA的遗传多样性进行检测。结果表明:(1)参与分析的所有RAPD和ISSR引物都对DNA模板浓度的梯度变化不敏感,对比RAPD和ISSR在PCR反应中的稳定性,ISSR优于RAPD;(2)25个RAPD和ISSR引物分别扩增出329条和283条带,多态比率分别为89.36%和92.5%,显然,ISSR检测出的多态性条带的能力优于RAPD;(3)RAPD和ISSR标记检测同组供试材料种间或种内的遗传相似性系数(GS)范围,分别为0.48~0.98和0.33~0.97,ISSR检测出种间遗传多样性的分辨力较RAPD为高,但两者GS相关系数高达0.955;(4)RAPD和ISSR标记的分子聚类获得了趋势相近,但不完全相同的聚类树,两种标记均能准确地把原始黄麻野生种与栽培种中的长果种和圆果种及其近缘野生种聚在不同的种群中,分子分类结果与传统经典分类相符,并揭示出种间或种内基因型的遗传差异与亲缘关系,而ISSR比RAPD能检测到种间更高的遗传差异性;(5)两种标记均可揭示种间与种内的遗传多样性及其进化的亲缘关系,可为进一步开展黄麻分子辅助育种和起源与进化研究提供有价值的理论依据。
曾惠阳[3]2006年在《RAPD和ISSR标记对果蔗种质遗传多样性的研究》文中研究指明应用RAPD与ISSR技术对39份不同地方果蔗品种和外引黑皮果蔗Badila进行了种质遗传多样性分析。分别从100条RAPD引物和100条ISSR引物中筛选出适合果蔗种质分析的23条RAPD引物和28条ISSR引物用于RAPD和ISSR分析。23条RAPD引物共扩增出250条带,多态性条带数为175,多态性条带比率为70%;28条ISSR引物共扩增出301条带,多态性条带数为232,多态性条带比率为77.1%。基于扩增条带数据库建立了各自的Jaccard遗传相似系数矩阵,构建了趋势相似但不完全相同的分子树状图,将40份果蔗种质分为四组:第一类为已鉴定为杂交种的白鳝、歪干担、肚度、温岭果蔗以及人工杂交选育的果蔗品种474;第二类为外引黑皮果蔗Badila和丰城紫皮果蔗;第叁类为单独的广东黄皮果蔗一类;第四类为32份地方果蔗品种,包括福建、江西、浙江、广西、云南等省的不同地方果蔗品种。两种分子标记的分析结果呈极显着相关(r=0.9471)。结果表明:RAPD与ISSR标记适合于果蔗种质遗传多样性分析,ISSR标记技术在果蔗遗传多样性分析上比RAPD技术更适用。
王涛[4]2005年在《烟草遗传多样性与亲缘关系的RAPD和ISSR分析》文中研究表明以来自中国、美国、加拿大、秘鲁、澳大利亚等国家和地区的烟草属(Nicotiana)3个野生种、3份白肋烟、5份晒烟、2份香料烟、17份烤烟品种为供试材料,应用RAPD(随机扩增多态性DNA)和ISSR(简单重复序列间隔区)分子标记分析技术,探讨烟草的遗传多样性和亲缘关系。所得结果如下: 1.烟草ISSR分析的技术体系建立:25μl反应体系中,引物0.18μM/L,dNTP 150μM/L,1×Buffer[10mmol/Ltris-HCL(PH8.0),50mmol/L KCL,1.5mmol/LMgCL_2,0.08%NonidetP40],20-60ng模板DNA,1.5U TaqDNA聚合酶。反应程序为:94℃预变性5min:94℃45s,54℃1min30s,72℃1min30s,41个循环;72℃7min;10℃保存。 2.烟草RAPD与ISSR引物筛选与PCR扩增:在30个供试材料中,16个RAPD引物共扩增出336条带,平均每个引物扩增出21条带,其中存在多态性的条带数为315,多态条带比例(PPB)为93.75%;16个ISSR引物共扩增出309条谱带,平均缚个引物扩增出19.31条带,其中存在多态性的条带数为288,多态性条带比例(PPB)为93.20%。 3.部分烟草核心种质的RAPD与ISSR标记的分子聚类:分别依据RAPD标记和ISSR标记数据及综合数据,对部分烟草核心种质进行了聚类分析,结果表明:第一次等级划分(D=0.570、D=0.475和D=0.500),可以将30份材料划分为一个由来自世界各地27份烟草栽培种组成的大类群,一个由来自澳大利亚的两个野生种组成的小亚类,以及一个山来自南美的单一野生种构成的独立个类。第一次等级划分将27份栽培品种与3份野生种明显区别开来,反映出野生种与栽培种之间存在较大的遗传差异性,而27份栽培品种之间遗传差异性相对较小,遗传基础较狭窄。第二次等级划
祁建民, 周东新, 吴为人, 林荔辉, 吴建梅[5]2003年在《用ISSR标记检测黄麻野生种与栽培种遗传多样性》文中进行了进一步梳理利用ISSR标记对黄麻属(Corchorus)10个种27份材料的遗传多样性进行分析,25个ISSR引物共扩增出283条带,平均每个引物扩增出10.48条带,多态性条带比例(PPB)为92.85%;种间遗传相似系数在0.33~0.97之间,表现出丰富的遗传多样性。系统聚类结果显示,第Ⅰ、Ⅲ类群均为黄麻属8个种11份原始野生种,种间存在丰富的遗传多样性;第Ⅱ类群为黄麻两个栽培种及其近缘野生种,共16份材料,种遗传相似性较高;基因组聚类结果与经典分类相符。利用分子标记技术研究初步可以认为,荨麻叶种为最原始的黄麻野生种之一;叁室种21C为叁室种的一个变种;甜麻为一个尚待定性的野生种。同组材料的RAPD和ISSR分析结果,具有较高的相似性和可信度。
黄焱[6]2008年在《珍珠黄杨遗传多样性及其资源保护与利用》文中研究表明珍珠黄杨(Buxus sinica var. parvifolia)为中国特有的珍稀濒危植物,属半岩生植物。本研究通过对其分布区的广泛调查,选择了7个天然群体和1个栽培群体,从形态性状和DNA水平,分析了珍珠黄杨群体的表型多样性和遗传多样性。从分子生态学、种群生态学、更新复壮及扦插繁殖角度系统研究了珍珠黄杨资源的保护与利用。结合表型标记和分子标记分析,探讨了珍珠黄杨相关类群的等级地位及命名。主要结论如下:①珍珠黄杨种内存在丰富的群体间、群体内表型变异,其8个群体的枝叶等17个表型性状差异显着,变异系数较大。②利用21个RAPD引物对8个珍珠黄杨群体进行遗传多样性分析,共扩增出176个(84.21 %)多态位点;21个ISSR引物共扩增出397个(91.89 %)多态位点。经POPGENE分析,Shannon信息指数在群体内为0.3039,占总遗传变异51.39 %;Gst是0.2723;Nm是1.3933(RAPD);Shannon信息指数在群体内为0.3368,占总遗传变异82.51 %;Gst是0.1627;Nm是2.5741(ISSR)。经AMOVA分析,群体内变异为62.65 %,Φst 0.554(RAPD);群体内变异达到77.65 %,Φst 0.223(ISSR)。基于Nei遗传距离对各群体进行聚类分析,截取λ=0.1653(RAPD)/0.0503(ISSR),可将不同地区的珍珠黄杨分为两大类:神农架山区的为一类,而华东片珍珠黄杨归为另一类。③表型标记聚类结果表明:栽培黄杨的形态稳定一致,形态分化较小;尖叶黄杨与雀舌黄杨在形态上比较一致;珍珠黄杨各种群表型性状变异大。分子标记的UPGMA、NJ和PCA分析均支持华东片珍珠黄杨为独特的进化枝,这与其仅根据表型特征而定的分类单位相冲突,其它分类单位的聚类结果基本与传统分类结果一致。④珍珠黄杨天然种群有2个死亡高峰:第一个死亡高峰在幼苗幼树阶段,第二个死亡高峰在各种群出现的时间及强度不同。其存活曲线介于Deevey-II型与Deevey-III型之间。⑤在愈伤组织形成及根突出表皮时期,初始世代IAA,ABA和GA4水平与后继世代有明显差异并呈现一定规律。Fv,Fm,Fv/Fm,Fv/Fo,Fm/Fo这5个参数从初始世代到后继世代呈现一个明显地逐渐增大规律。荧光诱导动力学随继代次数的增加,从P相到T相的时间逐渐缩短,振荡衰减逐渐加快。⑥春季扦插中,在愈伤组织产生前后及根突出表皮时,IAA,ABA和GA4含量的变化曲线在不同品种处理之间存在明显差异并呈现一定规律。夏季扦插中,以蛭石珍珠岩为扦插基质的插穗经外源激素尤其是IBA+BA处理后,生根效果明显提高;以轻壤土为扦插基质的则以IBA+BA和ZZHY处理的效果为好。
陈燕萍[7]2010年在《应用复合分子标记构建圆果黄麻遗传连锁图谱的研究》文中进行了进一步梳理黄麻为椴树科黄麻属一年生草本植物,是重要的天然纤维作物,也是中国、印度、孟加拉等国的特色经济作物。迄今,国内外还未曾有黄麻遗传连锁图谱构建的报道,分子标记遗传图谱的构建可以为黄麻基因结构提供详细的描述,是黄麻遗传学研究以及基因定位和克隆等应用研究的理论基础,还为黄麻科学研究的发展奠定基础。本研究利用SRAP、ISSR和RAPD复合分子标记方法成功构建了世界上首张圆果种黄麻的遗传连锁图谱,获得了以下研究成果:1、作图群体的建立:在本实验室对173份国内外黄麻种质资源遗传多样性与亲缘关系SRAP分子标记聚类分析的基础上,选取以印度圆果黄麻品种新选1号和琼粤青进行杂交,F1代自交产生的185株F2代分离群体作为作图群体;2、DNA提取方法优化:本研究对CTAB法提取圆果黄麻总DNA技术进行改良,得到一套适宜圆果种黄麻老叶DNA的提取方法;3、SRAP扩增体系的优化:分别从DNA、dNTP、Mg2+、引物、Taq酶、退火温度6个方面对SRAP扩增体系进行梯度试验,优化出适合本研究材料的SRAP扩增体系;4、多态性引物筛选:从19×27对SRAP上游与下游引物组合、60个ISSR引物和20对RAPD双引物组合中,以新选一号和琼粤青亲本为模板筛选出多态性较好的26对SRAP引物组合、22个ISSR引物和7对RAPD双引物组合供作图群体PCR扩增;5、作图群体的PCR扩增:以筛选出的叁种引物组合作为多态性引物,利用SRAP、ISSR和RAPD叁种分子标记方法对F2作图群体进行PCR扩增,共产生157个多态条带,平均每个引物组合产生2.85个多态条带,单对引物组合最多的可产生6条多态;6、应用MAPMAKER3.0软件作图:构建了包括46个SRAP标记位点和49个ISSR标记位点和17个RAPD分子标记以及2个形态标记共114个标记位点的圆果黄麻遗传连锁图,分为10个连锁群(LOD≥3.0)。该图谱总长为1820.8 cM,标记位点平均间距为15.97cM,标记间的最大距离为36.6cM,最小距离为0cM,?每个连锁群上的标记数在2-33个之间,连锁群的长度在2.3-573.8cM之间;7、偏分离的分析:构建出的偏分离(偏离3:1)比例为5.26%,相对偏分离较低;8、质量性状定位:在本图谱中有2个形态标记,M4为托叶大小性状,M5为腋芽强弱性状,已知M4和M5均位于构建的连锁群LG5上,M4与807-220连锁,遗传距离为16.9cM,M5与M14E14-280连锁,遗传距离为26.4cM。
罗海燕[8]2007年在《海南野生荔枝种质资源遗传多样性及与半野生、栽培荔枝亲缘关系的ISSR分析》文中研究表明我国是荔枝起源中心,拥有丰富的荔枝种质资源。野生荔枝是荔枝改良利用的丰富基因来源,它们主要分布在广东、广西、海南、福建等地,其中海南野生荔枝是我国荔枝种质资源的重要基因库之一。国内已经有利用分子标记对海南野生荔枝遗传多样性进行研究的报导,但对于海南野生荔枝遗传多样性的ISSR分析未见研究报导。本实验分别采野生荔枝,半野生荔枝和栽培荔枝共96份样品材料,利用ISSR标记技术进行遗传多样性及亲缘关系分析。获得如下结果:1、通过对dntps、primer、DNA模板及Taq酶用量的优化,获得适用于本实验的ISSR-PCR反应体系。2、从23条ISSR引物中筛选出的13条多态性引物,并通过对96份样品材料进行ISSR扩增,共检测得到180个基因位点数,多态性位点为163个,多态性比例为90.56%。3、用NTSYS软件对61份野生荔枝样品的ISSR产物进行分析,其相似系数在0.68-0.89之间,表明该群体的遗传多样性水平不高。在相似系数为0.71水平上,61份野生荔枝种质可以分为7个类群,结果与传统的以果皮龟裂片峰隆起类型为分类标准的分类结果不一致,来自不同采样地点各样品的遗传距离与地理距离也无明显相关性。有些类群含样品数少,被单独分出来的原因可能是含有特殊基因型,具有进一步研究的价值。4、对96份样品材料进行NTSYS软件分析并获得UPGMA聚类图,在相似系数约0.71水平上分为8个类群,其中野生荔枝覆盖所有类群,半野生荔枝存在于4个类群,而栽培荔枝全部集中在一个类群内,表明从野生、半野生到栽培类型荔枝基因型逐渐趋向单一,显示了叁个类型的荔枝种质之间的逐步演化的关系和遗传多样性水平逐渐降低。此外,本实验还对海南野生荔枝资源的保护、利用对策进行了讨论。
甘玲[9]2006年在《梨离体保存材料遗传差异的分子检测》文中进行了进一步梳理本研究采用RAPD和ISSR两种DNA分子标记方法,以离体保存3年的‘金水’、‘金花’和离体保存5年的‘身不知’为试验材料,其中离体保存时间分别为26、30和34个月的‘金水’标记为A_(26)、A_(30)和A_(34),‘金花’标记相同,为B_(26)、B_(30)和B_(34),离体保存时间分别为52、56和60个月的‘身不知’标为C_(52)、C_(56)和C_(60),以其田间植株A_0、B_0和C_0为对照。在对两种标记方法的反应体系进行优化的基础上,采用最佳反应体系研究了不同保存时间的离体材料的遗传差异。其主要结果表明: 1.适合梨RAPD扩增的最佳反应体系为20μL反应体系中含模板DNA30ng,1×buffer,Mg~(2+)2.0mmol·L~(_1),引物0.5gmol·L~(-1),dNTPs0.20mmol·L~(-1),TaqDNA聚合酶1U。反应程序为:94℃预变性5min;94℃1min,36℃退火1min,72℃延伸2min,40个循环;72℃继续延伸10min,4℃保温。用1.5%的琼脂糖凝胶电泳检测其扩增产物。 2.适合梨ISSR扩增的最佳反应体系为20μL反应体系中含模板DNA30ng,1×buffer,Mg~(2+)2.0mmol·L~(-1),引物为0.4gmol·L~(-1),dNTPs0.20mmol·L~(-1),TaqDNA聚合酶1U。反应程序为:94℃预变性3min;94℃1min,52℃(或50℃、55℃)退火1min,72℃延伸2min,40个循环;72℃继续延伸10min,4℃保温。用1.5%的琼脂糖凝胶电泳检测其扩增产物。 3.RAPD和ISSR分析所得A组、B组和C组材料的多态性条带百分率(PPB)分别为1.48%、1.29%、2.65%和2.78%、2.60%、3.42%,离体保存34个月的A组和B组的PPB均低于离体保存60个月的C组的PPB,材料离体保存时间越久,其出现多态性条带的百分率越高。RAPD和ISSR分析叁组材料所得组内遗传距离分别为A_0A_(34)(0.075),B_0B_(34)(0.054),C_0C_(60)(0.107)和A_0A_(34)(0.111),B_0B_(34)(0.083),C_0C_(60)(0.177),离体保存34个月的A组和B组内田间材料和离体材料的遗传距离均低于离体培养60个月的C组内田间材料和离体材料的遗传距离,材料保存时间越长、继代次数越多,与田间材料的遗传距离就越大。 离体保存26个月的‘金水’材料A_(26)与对照之间的遗传距离A_0A_(26)大于A组内保存相隔时间仅为4个月的材料间距离A_(26)A_(30)和A_(30)A_(34),与之相同,B_0B_(26)大于B_(26)8_(30)和B_(30)8_(34),C_0C_(52)大于C_(52)C_(56)和C_(56)C_(60)。对于培养间隔时间都同为4个月的材料间的遗传距离,又以A_(30)A_(34)大于A_(26)A_(30),B_(30)B_(34)大于B_(26)B_(30),C_(56)C_(60)大于C_(52)C_(56)。材料保存相隔时间越长,其间的遗传距离越大。
王小芬[10]2007年在《盐地碱蓬遗传多样性的RAPD和ISSR分析》文中研究说明盐地碱蓬( Suaeda salsa )是藜科碱蓬属( Suaeda )一年生草本植物。盐地碱蓬抗逆性强,尤以抗盐能力最为突出,能在含盐4.3%以下的海水浇灌下成活,并且富含多种营养及药用成分。目前对盐地碱蓬抗逆特别是抗盐机制的研究已经深入到生化及分子水平,但是盐地碱蓬的保护和利用工作缺乏来自遗传多样性研究的科学依据和理论指导。本研究针对目前盐地碱蓬遗传多样性研究缺乏的现状,运用RAPD、ISSR两种分子标记方法,在山东东营按照土壤盐碱程度的差别选取了不同生境盐地碱蓬的8个自然居群,通过对盐地碱蓬自然居群的遗传多样性研究,揭示了盐地碱蓬物种的遗传多样性水平和盐地碱蓬居群的遗传变异和遗传结构,并揭示了盐地碱蓬居群间的遗传分化与其生境有一定关系,为合理开发和有效利用盐地碱蓬资源提供科学的指导和依据。本研究获得以下结果:1.建立了盐地碱蓬RAPD反应体系和ISSR反应体系,均采用25μL反应体系。RAPD反应体系:含30~50ng DNA,1.0μmol/L引物,2.5μl 10×PCR Buffer ( 100mmol/LTris-HCl PH8.4,500mmol/L KCl,15mmol/L MgCl2,1 mg/ml BSA ),0.2mmol/LdNTPs,1U Taq酶。ISSR反应体系:含约50ng DNA,0. 5μmol/ L引物,10×PCR Buffer,2. 0 mmol/ L MgCl2,0. 2 mmol/ L dNTPs,1U Taq酶。RAPD反应程序为:使用94℃预变性2min;接45个循环,每个循环94℃,1min;36℃,1min;72℃,2min;再接72℃延伸10min,扩增完后置于4℃保存。ISSR扩增程序为94℃预变性2 min;接着进行35个循环:94℃变性50s,50℃退火45s,72℃延伸1.5min,循环结束后72℃延伸5min;扩增完后置于4℃保存。2.应用RAPD、ISSR两种分子标记方法揭示了盐地碱蓬物种的遗传多样性水平:多态位点百分数( P )分别为:RAPD:89.43%,ISSR:86.76%;Nei’s基因多样性指数( H )分别为:RAPD:0.3264,ISSR:0.2815;Shannon多态性信息指数( I )分别为:RAPD:0.4854,ISSR:0.4291。两种分子标记的数值相差不大,均揭示了盐地碱蓬物种具有较高的遗传多样性水平。RAPD和ISSR都是评估盐地碱蓬遗传多样性水平有效的分子标记方法。3. Nei’s遗传多样性分析和AMOVA分析所揭示的盐地碱蓬8个自然居群间的遗传分化水平表明,各居群间存在一定的遗传分化。遗传变异主要存在于居群内( Gst值:RAPD:0.2359,ISSR:0.2811 )。盐地碱蓬的基因流较大( Nm值:RAPD:1.6196,ISSR:1.2789 ),说明盐地碱蓬各居群间有一定的基因交流。4.利用POPGENE得到的遗传一致度( I值:RAPD:0.7855~0.9276,平均为0.8826;ISSR:0.7879~0.9583,平均为0.8868 )和遗传距离( D值:0.0752~0.2414之间,平均为0.1536;ISSR:0.0426~0.2384,平均为0.1226 )分析表明8个盐地碱蓬居群的遗传一致度较高,说明了盐地碱蓬居群之间有较大的遗传相似性,但也有一定的遗传分化。居群的生境越相近它们之间的遗传距离越近,明园闸海水居群与其它七个居群的遗传距离最远。分别依据RAPD标记和ISSR标记数据,对盐地碱蓬8个居群进行了UPGMA聚类分析,结果表明:生境相近的居群聚在了一起,聚类分析大致符合居群的生境,盐地碱蓬居群的遗传分化与生境有一定的关系。
参考文献:
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[3]. RAPD和ISSR标记对果蔗种质遗传多样性的研究[D]. 曾惠阳. 福建农林大学. 2006
[4]. 烟草遗传多样性与亲缘关系的RAPD和ISSR分析[D]. 王涛. 福建农林大学. 2005
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[6]. 珍珠黄杨遗传多样性及其资源保护与利用[D]. 黄焱. 南京林业大学. 2008
[7]. 应用复合分子标记构建圆果黄麻遗传连锁图谱的研究[D]. 陈燕萍. 福建农林大学. 2010
[8]. 海南野生荔枝种质资源遗传多样性及与半野生、栽培荔枝亲缘关系的ISSR分析[D]. 罗海燕. 华南热带农业大学. 2007
[9]. 梨离体保存材料遗传差异的分子检测[D]. 甘玲. 四川农业大学. 2006
[10]. 盐地碱蓬遗传多样性的RAPD和ISSR分析[D]. 王小芬. 山东师范大学. 2007