杨慧荣[1]2003年在《用RAPD技术研究几种鲷科鱼类的遗传变异和系统进化》文中进行了进一步梳理用RAPD技术对取自福建和珠江口的2个天然群体黄鳍鲷和胶州湾(青岛)、台湾海峡(厦门)和北部湾(海南)的3个天然群体各24尾真鲷和黑鲷进行群体内与群体间的遗传变异和亲缘关系分析；同时用RAPD技术对鲷科鱼类的黑鲷、真鲷、二长棘鲷、平鲷和黄鳍鲷进行亲缘关系和系统进化的探讨。 通过梯度实验摸索RAPD-PCR的反应体系和循环参数。选用美国Operon公司试剂盒KitA、KitR与KitS共60个10bp的随机引物，在事先优化的反应条件下，筛选出清晰稳定的随机引物供扩增，其中无扩增产物、扩增带型模糊及不稳定的结果不作分析。研究结果如下： 在黄鳍鲷的群体研究中，使用的40个随机引物中有18个引物扩增出清晰稳定的片段，共计93条。福建和珠江口群体都有较高程度的遗传变异水平，但福建群体的遗传变异水平较珠江口群体有一定程度的降低。用UPGMA程序和NJ程序进行聚类分析，结果表明：福建和珠江口群体分别聚成一支，且两者的聚类结果一致。说明福建和珠江口群体已经出现了明显的遗传分化，分别属于2个不同的地理群体。 在真鲷和黑鲷的群体研究中，使用的60个随机引物中有31个引物扩增出清晰稳定的片段，真鲷和黑鲷各计219条和200条。其中，真鲷多态性片段176条，黑鲷多态性片段135条。真鲷和黑鲷群体间的遗传距离均为：厦门群体和海南群体间最小，青岛群体与厦门群体间次之，青岛群体与海南群体间最大。真鲷群体内的遗传距离为：厦门群体最小，海南群体次之，青岛群体最大；而黑鲷则是厦门群体最小，青岛群体次之，海南群体最大。用MEGA2.1软件的UPGMA程序和NJ程序进行聚类分析，厦门与海南群体首先聚在一起，其次是青岛群体，两者的结果相一致。研究结果与他们的地理分布、生态习性以及我国沿海的海况具有一致性。 在五种鲷科鱼类的RAPD分析中，使用的60个随机引物中有29个引物扩增出清晰稳定的片段，共计200条。五种鲷均有其特异性扩增片段，可作为种类鉴别的依据。根据MEGA2.1软件的UPGMA和NJ程序构建的分子系统树显示：同属鲷属的黄鳍鲷和黑鲷的亲缘关系最近，其次是二长棘鲷和真鲷，平鲷与二长棘鲷和真鲷的亲缘关系较近，与黄鳍鲷和黑鲷的较远，黑鲷和二长棘鲷的亲缘关系最远。研究结果与借助形态学和生化特征进行的传统系统分析具有一致性。在40个个体之间遗传距离矩阵中，最大值达0.8916。此外，多数的遗传距离指数在0.5000～0.8500之间。通过分析，认为RAPD技术对分析属级间的亲缘关系具有一定的适用性。
刘红艳[2]2003年在《黄鳍鲷D-loop基因序列多态性及几种鲷科鱼类的分子系统学》文中研究表明利用PCR技术扩增海南海口市、福建厦门市和广东珠海市3个地理群体海捕黄鳍鲷(Sparus latus)线粒体D-loop基因片段，测定了该基因片段580bp序列。结果发现，3个地理群体内和群体间都存在丰富的DNA序列多态性，共检测到33个多态性核苷酸位点(5.7％)，24个个体具有22种单倍型(haplotype)。UPGMA法构建的分子系统树中，海南群体内所有的单倍型聚成一支，福建与广东的单倍型混杂在一起，聚成一支。从序列差异的分析中得出，海南群体与福建和广东群体的亲缘关系较远；福建群体和广东群体亲缘关系较近。 对鲷科鱼类中黄鳍鲷(S. latus)、黑鲷(S. macrocephaIus)、真鲷(Pagrosomus major)和平鲷(Rhabdosargus sarba)的线粒体DNA细胞色素b 408bp序列进行分析，并结合GeneBank中灰鳍鲷(S. berda)、黄鲷(Taius tumifrons)、犁齿鲷(Evynnis japonica)和高背四长棘鲷(Argyrops spinifer)的该区段DNA序列的比较，共发现126个核苷酸位点存在变异(30.7％)。黑鲷和灰鳍鲷亲缘关系最近，序列差异为3.8％；而黄鲷和平鲷的亲缘关系最远，序列差异为21.7％。用MEGA2.0软件中的NJ法和MP法构建分子系统树，其中黄鲷属、平鲷属和鲷属分类的结果与形态分类学的观点相吻合；而在NJ分子系统树中，犁齿鲷、真鲷和高背四长棘鲷聚成一支，在MP分子系统树中，犁齿鲷和真鲷聚成一支，这与传统分类学上把这叁种鲷归为叁个不同属的观点不一致。
参考文献：
[1]. 用RAPD技术研究几种鲷科鱼类的遗传变异和系统进化[D]. 杨慧荣. 华中农业大学. 2003
[2]. 黄鳍鲷D-loop基因序列多态性及几种鲷科鱼类的分子系统学[D]. 刘红艳. 华中农业大学. 2003