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从社会科学方法论的内在逻辑来看，其基本方法有古代的自然主义方法、神学方法，近代以来的实证主义方法、社会地理学方法、历史过程方法、社会统计学方法、社会过程方法、自然主义方法、宗教社会学方法和社会生物学方法几大类。在古代，社会科学研究和自然科学研究是不分家的，哲学方法是指导社会科学和自然科学研究的统一方法。在中世纪，神学占统治地位，从神学高度出发来解释和认识社会现象，构成了神学方法。近代自然科学的发展，使得从机械的自然科学中独立出来的实证主义研究方法成为社会科学研究的最主要的方法。运用实证主义方法进行社会研究的创始人是奥古斯特·孔德，他把社会学分为两大分支，社会静力学和社会动力学。前者研究社会体系存在的条件和作用的规律。后者研究社会体系发展和变化的规律。社会地理学方法，是运用自然科学的观察、实验方法来观察地理环境（如气候、地形、自然资源等）对人口增长、生产力、政治制度、生产方式等社会过程和社会现象的深刻影响的研究方法。但是，社会地理方法不能简单等同于狭隘的“地理环境决定论”。历史过程方法是从社会发展的时间连续性上考察社会，从而把社会看成是一个类似于生命有机体的过程，对人类社会进行动态变化的研究，从中发现社会发生、发展和变化的内在规律。这方面的代表人物有斯宾格勒和汤因比。与社会过程方法的宏观分析相互补充，社会统计方法则从社会活动的微观层次进行研究。社会统计学派的创始人尼克斯把统计方法的性质规定为“具有政治艺术内容的社会科学”。由于实证主义方法、社会地理学方法都侧重于对社会存在的研究，缺乏对于社会主体作用、社会意识作用的认识，在这种情况下，产生了马克斯·韦伯的社会宗教方法。这种方法认为，社会精神文化与社会发展存在着不容忽视的相互联系，其中宗教发展隐含着社会发展的秘密。近年来，随着当代自然科学的发展，社会科学研究也日益引进自然科学的新的研究方法，如社会生物学方法，其代表人物是爱德华·奥·威尔逊，他的代表著作是《社会生物学：新的综合》，这本书从社会的生物机制和微观结构入手，“对一切动物的社会行为的生物学基础进行系统研究。”
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从社会科学方法论的发展时间顺序来看，西方社会科学方法论大体上可以分为以下一些阶段：
1.自然主义社会科学方法
16-17世纪在哲学思维方式上，形而上学和机械主义占主导地位，与这种哲学相一致的自然科学，把观察、实验、归纳、推理等方法作为一般的科学认识模式和逻辑方法。与此相适应，自然主义则成为近代社会科学研究的主要思潮。所谓自然主义就是指社会科学家盲目模仿自然科学家的方法和语言，用自然实体、自然因素和自然规律来解释说明人类社会。认为既然社会是自然的一部分，那自然科学方法论就可以全部套用到社会科学研究中来，这种认识的正确一面是看到了自然科学和社会科学在方法论上的一致性，但却忽视了社会科学研究的特殊性。马基雅弗列和格劳修斯的“自然主义”理论已经包括了“自然主义”的萌芽。尔后，霍布斯的“社会物理学”则系统地发挥了自然主义的社会理论。他认为，世界上存在两种物质，即自然物质和人造物质，人造物质就是国家。他用这种自然主义方法来说明国家的产生。
17世纪的社会科学方法论主要受数学（几何学）、天文学和力学的影响，利用唯理性主义来说明一切。18世纪社会科学方法受以牛顿为代表的古典力学的影响。最初接受并发展牛顿力学方法的是法国的社会科学家们。比如拉普拉斯、毕丰、格瓦锡等人在进行自然科学研究的同时，也运用古典力学的基本方法致力于对社会过程的研究。拉普拉斯的《概率论的解析理论》一书中就有运用古典力学的原理研究社会人口的成果。傅立叶认为，如同物质世界的万有引力一样，人类社会中也存在着“情念引力”法则。圣西门的实证哲学则是把古典力学运用到社会科学中的典型，他说：“万有引力是我们征服世界的唯一原则。”在1813年的《人类科学概论》中圣西门指出，要赋予关于人的科学以实证的性质，把它建立在象物理学以及其它领域中所使用的那种观察和研究方法的基础上。18世纪的社会学家们继承了“自然主义”研究方法的传统，如孔德的实证主义、社会物理学派、地理学派、人种学派、生物有机体学派、社会达尔文主义学派和心理社会学派等等。19世纪的自然主义社会科学同样把社会发展中的某些自然因素提高到决定性的地位，试图用某一门自然科学的研究方法来取代社会科学的研究方法。19世纪德国自然科学家威廉·弗里德里希·奥斯特瓦尔德在《文化科学的唯能论原理》中，用唯能论解释社会和文化，根据热力学原理，认为未来社会将象宇宙热寂一样，成为僵死的平衡。地理决定论认为，特殊地形、气候、土壤收获率、营养决定了各民族在意识、体格、社会组织以及历史命运方面的差别。美国经济学家、社会学家亨利·查尔斯·凯伦认为，物理学和社会科学遵循着同一的简单的规律，各门科学的区分仅仅是研究对象和表达方式有所不同而已。他把社会过程和社会现象类比于物理现象，认为人是社会的分子，社会的组织和联合是“伟大的分子吸引规律。”19世纪自然主义社会科学更多的是机械地利用生物学的成果来说明社会现象，比如社会达尔文主义把生物界的生存竞争和自然淘汰当成社会进化的根本原则。19世纪下半期，随着实验心理学的迅速发展形成了各种心理主义的社会学派，如弗洛依德把性本能作为社会分析的基本因素和出发点，形成了性经济学、性政治学等。
2.实证主义的经验证实方法
可以把实证主义的社会哲学和社会科学方法论称之为“社会实证论”，其代表人物是孔德和穆勒。在史学界，德国历史学家兰克也提出客观主义的历史研究原则，即实证主义的原则。实证主义社会哲学的宗旨就是统一科学，使之都具有自然科学（如天文学、物理学、化学、生物学）的“确实性”和“精确性”。孔德认为，社会科学就是“关于社会现象根本原则的实证研究。”社会科学在内容上和具体方法上都直接依赖于自然科学。必须把自然科学的实证方法或“客观方法”作为基本方法。所谓“实证方法”的根本点就在于它“遵循培根的以被观察到的事实作为一切思维的基础”为方针，实证的方法主要包括观察方法、实践方法、比较方法和历史方法。穆勒则直接把心理学作为社会科学的方法论基础。
孔德创立的实证主义在现代哲学中发展成为实证主义思潮，如19世纪末期在德国和奥地利产生的以马赫和阿芬那留斯为代表的新马赫主义，本世纪20年代形成的逻辑实证主义以及其它新实证主义。马赫主义和逻辑实证主义的社会哲学和社会科学方法论思想同样也是实证主义的经验证实方法，不过，逻辑实证主义认为，直接经验有私人性和主观性，往往包含错觉和幻觉。因此，逻辑实证主义试图克服旧实证主义的困境，放弃以直接经验作为判别理论或命题真伪的标准，而以直接经验的语言陈述的证实，即以共同的“观察纪录陈述”，作为判断命题真伪的基础。因为虽然各个人的感觉或直接经验的内容是私人性的，不能相互交流，但是语言是共同的，是可以相互交流的。于是就把孔德的实证原则语言化，希望依靠共同的语言建立统一的科学体系。究竟以哪一门科学的语言作为科学统一的基础呢？纽拉特和卡尔纳普指出，科学统一的基础是物理学的语言，这样，各门科学的语言统一翻译成物理语言，用物理的语言统一一切科学（包括社会科学），用物理语言来表证社会现象，这就反映了逻辑实证主义社会哲学和社会科学方法论的实质。
以逻辑实证主义为代表的新实证主义，从本世纪20年代起，曾作为“科学的哲学”在20世纪哲学舞台上红极一时，影响了不少社会科学家的思维方式和研究方法。它特别强调知识的经验纪实和科学语言的逻辑分析，强调科学概念和科学理论结构的严谨性，并把这一方法运用于社会科学研究。这一方面影响了现代社会科学的发展，另一方面则忽视了社会活动中主体的主观作用，又完全把数理逻辑套用在社会科学身上，因此有一定的片面性。例如，纽特拉的“经验社会学”，就被称之为“社会行为主义”。逻辑实证主义的这种错误，引起了后来人的重视。在实证主义内部，波普首先倡导了一场轰轰烈烈的反实证主义运动。他说，我虽然要关心的是物理学的方法，但多年来我也关心社会科学。我的方法对所有社会科学，包括历史科学在内，也是普遍适用的，他强调社会科学和自然科学的统一，提出普遍适用于一切科学领域的自然科学方法。他的批判理性主义主张猜测与反驳的方法、试错法、释义学方法等等。他在《历史主义贫困》一书中指出，过去人们误解了物理学方法，不懂得它是试错法，从而认为物理学方法不能应用于社会科学领域。“波普世界3”的理论，在西方社会科学方法论的发展过程中也起到了重要作用。然而波普否定物质因素在社会中的决定性作用，否认经济的力量在社会发展中的作用，这是他的社会科学方法论的根本缺陷。
3.生命哲学思潮和社会科学中的“培根式革命”
自然主义和实证主义要求一切知识部门都向自然科学看齐，一切研究都必须应用自然科学的经验证实的方法，采取自然科学家的绝对客观主义的立场，这种研究方法影响了社会科学的发展。在16-17世纪，自然科学必须要挣脱经院哲学和神学的羁绊。而在实证主义统治下，社会科学也要求从自然科学那里取得独立的地位，正如柯林武德所说，20世纪哲学必须重新进行一次“培根式的革命”，来为社会科学奠定新的基础。于是，就产生了与实证主义对立的生命哲学思潮，如胡塞尔的现象学，阿·舒茨的现象主义社会学，生存主义哲学和社会学，伽达默尔和利科尔的释义学，法兰克福学派的批判社会理论，这样一些思潮对20世纪社会科学方法论产生了直接的影响。在生命哲学思潮看来，社会科学方法同自然科学方法不完全一样，人文事实或历史事实不象科学事实那样是知觉中直接给予的，因而是可以直接观察的，如柯林武德所说：“对于历史学来说，所要发现的对象并不是单纯的事件，而是其中所表现的思想。”自然科学与社会科学的对象事实是不同的，所以其目的或结论以及研究的过程也都有着根本的差别，社会科学的方法不是自然科学的那种客观的观察和解释，它必须深入生命内部来对生命的历程加以“体验”或“重演”。生命哲学反对社会科学方法论中的自然主义是可取的，但完全否定物质力量在社会中的作用，否认社会科学的客观性，否认自然科学方法论对社会科学的意义，也是不可取的。
4.新康德主义的社会科学方法
新康德主义要求确立社会科学和自然科学的平等地位，要把康德式的批判主义引伸到历史科学领域之中。比如，文德尔班认为，不同的科学，如数学、自然科学和历史科学，其对象都是特殊，其研究往往局限于现实或实在的某一确定的领域，而哲学却可以向一些不同学科提供关于整体的知识，并确定自己独特的研究对象。他把哲学作为研究自然科学和社会科学的统一的方法论。文德尔班的学生李凯尔特从两个方面说明了他的社会科学方法论思想：(1)把科学方法或思维方式区分为个别化方法和一般化方法，借以反对康德的科学主义。(2)依据文德尔班提出的“普遍价值”概念，力图探求社会历史的普遍性。马克斯·韦伯同他的老师李凯尔特一样，一方面继承了自狄尔泰以来的反实证主义传统，另一方面，接受了实证主义社会学的某些影响，试图克服唯心主义学派的相对主义和主观主义，为社会学确立更客观的基础。韦伯强调对社会历史现象进行宏观的分析。他提出了“理解”是社会学的基本方法，社会观察者或研究者只有通过对行动者的观察或体验，才能理解他们的行为。所谓理解，也就是尝试着去试想社会行动者所处的境况，让自己设身处地处于被研究者的行为处境之中，从而去想象行动者的行为选择。他还强调对社会历史现象要进行因果分析。韦伯坚持社会科学研究的客观性，但他认为，社会现实并不拥有一种真实的本质，想象用某种方式能捕获社会现实的“真实本质”是不切实际的。韦伯的社会理论和社会科学方法论从本质上是一种唯心主义和不可知论。
5.社会科学中的系统方法
自然主义和实证主义的社会科学方法论，具有两个缺陷：一是偏重于分门别类的分析方法，二是追求与主体相分裂的纯粹客观方法。这些方法证明是不太适合社会科学研究的。在本世纪20、30年代，特别是40年代成长起来的系统哲学和系统方法正是在批判实证主义和人文主义基础上建立起来的。当代社会科学的系统方法提出要从整体原则、结构功能原则、自组织原则来分析社会，当代社会科学中的系统研究的代表流派有：贝塔郎菲的一般系统论、帕森斯的社会系统理论和结构功能主义等等流派。贝塔郎菲曾经指出：如果“从掌握规律性的角度去理解科学”，即不是描述异常性而是整理现实并研究一般性，这样，“社会科学就是社会系统的科学，因此，必须运用一般系统论的方法。”
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综上所述，我们可以看到社会科学方法论的一些发展规律。社会科学方法论作为研究人类社会现象方法的学问，从古代就已经开始形成。但是由于当时自然科学和社会科学还没有从哲学中分化出来，当时的科学方法论是统一的，古代的社会科学方法论是以哲学方法论的形式表现出来的，而哲学方法论又是包容一切的学问。比如，亚里士多德提出的归纳－演绎方法，他不仅把它运用到自然科学研究中去，而且还运用到社会科学研究中去。
近代自然科学的根本思维方式是机械唯物主义的，经过哲学家的提炼，这种自然观被推广为一般的自然科学方法论，然后又逐步成为一般的人类科学思维方式。这个一般思维方式当然包括社会科学方法。例如，培根和洛克认为，科学是实验的科学，科学就在于用理性方法去整理感性材料。归纳、分析、演绎、比较、观察是这种思维方式的主要方法。近代自然科学方法给社会科学研究留下了形而上学和机械主义片面性的缺陷。
近代社会科学，即20世纪之前的社会科学方法论，其主要线索是实证主义和反实证主义的论争，突出表现在史学领域。德国史学家兰克提出客观主义的历史研究原则。兰克·阿克顿以及剑桥学派第二代布里都认为，史学家必须客观中立，排除自我，历史研究的唯一方法是严密的考据，唯一的任务是考究历史事实。实证主义社会科学试图排除人类学的内容，进行所谓“价值无涉”或“伦理中立”的研究，这种实证主义研究遭到了德国历史主义者德罗伊曾和狄尔泰的强烈反对。德罗伊曾指出：兰克学派牺牲有效的历史构造而把历史研究贬为史料考据，为了历史的技术方面而否定它的伦理方面。他们反对关于历史学家在研究历史时有可能排除“自我”的信念，提出了主观主义的方法论。他们认为，在自然科学研究方面，适用的是追求普遍性和客观性的“解释”方法，而对于人和人所创造的历史事实，则只能依靠“理解”方法，只能依靠直觉、领悟和移情来把握。这种理解方法论，经过海德格尔、伽达默尔和利特尔的发展，形成了近代哲学和社会科学领域中的“释义学”传统。
19世纪中叶诞生的马克思主义，科学地揭示了人类社会发展的一般规律，从而为社会科学研究奠定了坚实的基础，提供了科学的方法论。马克思主义不仅为社会科学提供了最一般的哲学方法，而且还总结了社会科学研究的许多具体方法，使社会科学研究第一次成为真正科学的研究，马克思主义的历史唯物主义开创了社会科学方法论的伟大变革。
本世纪30到40年代，西方当代社会科学研究方法发生巨大的变化。直接导致变化的是20世纪自然科学的发展，特别是微观物理学的发展，提出了科学认识的主体性问题和复杂性问题。在这种情况下，产生了系统论。与一般系统论的产生大致同时，在社会科学研究中也独立地形成了系统方法理论，尤其是帕森斯的社会行为理论最为突出。帕森斯认为，社会系统是一种社会行动系统，在社会生活中有三种主要的行动系统：文化系统、社会系统和个性系统。帕森斯的社会系统理论和结构功能主义在本世纪40-50年代得到了迅速的发展和传播，成为西方社会科学乃至人类学、哲学等领域的主要理论和方法论基础。当然，另外还有一些流派，如现象主义社会学和法兰克福学派的批判社会学等，继承了德国历史主义者的主观主义传统的社会科学方法论，这种方法论致力于研究社会、文化和个体意识的主体性和非理性的方面。
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